Après sa relégation en Ligue 2 en 2005, le club vise la remontée immédiate et engage Bernard Casoni au poste d’entraîneur.
Une accession manquée et un manque d'ambitions
Durant la saison 2005/2006, le Sporting marche sur l’eau et est régulièrement sur le podium jusqu’à la 32e journée. Alors que la montée semblait certaine, les joueurs enchainèrent les contre-performances en fin de championnat et termineront finalement à la 6ème place de L2. L’attitude de certains joueurs coûta au club la montée qui lui était promise, au mépris des supporters.
Dès lors Bastia va stagner en Ligue 2, où chaque saison de 2006 à 2009, se suit et se ressemble presque. Le club assure le maintien et n’a aucun objectif sportif. La communication entre dirigeants et supporters est quant à elle inexistante, et le fossé se creuse entre le club et le public.
Deuxième relégation en 5 ans pour le SCB
A la fin de la saison 2008/2009, Bernard Casoni est remplacé par Philippe Anziani, qui était jusque-là en charge du centre de formation bastiais. Le recrutement à l’intersaison est mal géré, puisque le club enregistre les départs de près de dix joueurs (Ejide, Maire, Cherrad, Dao, Mendy, Conombo, Grimaldi, et les retours de prêt de Ludovic Genest et Nicolas Marin) pour seulement quelques renforts. Le club voulait tenter le pari de faire évoluer les jeunes issus du centre de formation, parmi lesquels Christophe Gaffory, Wahbi Khazri, Johan Martial, Jean-Jacques Rocchi, où encore Jules Goda. Mais ces derniers n’ont logiquement pas l’expérience et les épaules assez solides pour être titulaires en Ligue 2 durant toute une saison.
Les résultats s’en ressentent et le club est lanterne rouge à la trêve de la saison 2009/2010, où une nouvelle équipe dirigeante arrive et engage l’entraineur Faruk Hadzibegic, ainsi que plusieurs joueurs venus renforcer l'équipe (Mathieu Robail, Jacques-Désiré Périatambée, plus les arrivés en prêt de Grégory Lorenzi et Xavier Pentecôte). La deuxième partie de saison est bonne, mais le retard trop conséquent observé à la trêve ne permet hélas pas le maintien en Ligue 2, et le club est relégué en National, après 45 ans passés dans le monde professionnel.
Le renouveau du Sporting
Après une saison 2010/2011 exceptionnelle sous la houlette de Frédéric Hantz, le SC Bastia est sacré champion de National et retrouve la Ligue 2, un an après l'avoir quitté. Avec la conservation de l'ossature de l'équipe et les arrivées de Jérome Rothen et Ludovic Genest notamment, le Sporting espère bien surfer sur sa dynamique et son jeu résolument tourné vers l'offensive, avec l'espoir de retrouver la L1 à court terme.
Les dirigeants bastiais s'étaient donné 3 ans pour rejoindre l'élite; un objectif qui sera atteint en seulement un an. Les Bleus survolent le championnat et décrochent le titre de Ligue 2, le 2 mai 2012 contre Metz. Cap maintenant vers la Ligue 1, après 7 ans de disette. Forza Bastia !